UsefullRandomScripts/bashcommands at master · MarieTJ/UsefullRandomScripts · GitHub

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mkdir EGVVHGsATVsEKT ;
cd EGVVHGsATVsEKT;
mkdir Slin;
cd Slin;
 nohup  SetupREMD.py --seq EGVVHGsATVsEKT --noREMD --stapled &
mkdir ../Shel;
cd ../Shel ;
nohup  SetupREMD.py --seq EGVVHGsATVsEKT --noREMD --stapled  --helical&
mkdir ../Ulin;
cd Ulin;
 nohup  SetupREMD.py --seq EGVVHGsATVsEKT --noREMD &
mkdir ../Uhel;
cd ../Uhel ;
nohup  SetupREMD.py --seq EGVVHGsATVsEKT --noREMD  --helical&


cd ~/REMD/simulationswithoutREMD
rm -r EGVVHGrATVsEKT ;
mkdir EGVVHGrATVsEKT ;
cd EGVVHGrATVsEKT;
mkdir Slin;
cd Slin;
 nohup  SetupREMD.py --seq EGVVHGrATVsEKT --noREMD --stapled   &
mkdir ../Shel;
cd ../Shel ;
nohup  SetupREMD.py --seq EGVVHGrATVsEKT --noREMD  --helical --stapled &

mkdir ../Ulin;
cd ../Ulin;
 nohup  SetupREMD.py --seq EGVVHGrATVsEKT --noREMD   &
mkdir ../Uhel;
cd ../Uhel ;
nohup  SetupREMD.py --seq EGVVHGrATVsEKT --noREMD  --helical  &


cd ~/REMD/simulationswithoutREMD
rm -r EGVVHGrATVrEKT
mkdir EGVVHGrATVrEKT ;
cd EGVVHGrATVrEKT;
mkdir Slin;
cd Slin;
 nohup  SetupREMD.py --seq EGVVHGrATVrEKT --noREMD  --stapled &
mkdir ../Shel;
cd ../Shel ;
nohup  SetupREMD.py --seq EGVVHGrATVrEKT --noREMD   --helical  --stapled &

mkdir ../Ulin;
cd ../Ulin;
 nohup  SetupREMD.py --seq EGVVHGrATVrEKT --noREMD   &
mkdir ../Uhel;
cd ../Uhel ;
nohup  SetupREMD.py --seq EGVVHGrATVrEKT --noREMD   --helical&


cd ~/REMD/simulationswithoutREMD


for file in $( ls -d EGVVHGsATV*EKT/*/ ) ; do echo $file ; cd $file ; mkdir prod ; cd prod ; gmx grompp  -quiet -f ~/REMD/simulationswithoutREMD/prodTEMP-peptide.mdp -c ../equilibration2/equilibration2-300/confout.gro -p ../simprep/topol.top -o topol.tpr -maxwarn 5 ; gmx mdrun  -gpu_id 0 -nt 2 & cd ~/REMD/simulationswithoutREMD ; done