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analyse-R/classification-ascendante-hierarchique #109
Description
Classification ascendante hiérarchique (CAH)
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http://larmarange.github.io/analyse-R/classification-ascendante-hierarchique.html
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http://larmarange.github.io/analyse-R/classification-ascendante-hierarchique.html
Activity
MaximeDmnt commentedon Oct 10, 2019
Bonjour ! Une fois la classification faite, (HCPC avec FactomineR dans mon cas), j'ai bien accès à tous les graphique présentés ci-dessus. Dans mon étude, chaque individu correspond à une commune, et je dois pouvoir afficher sur une carte le cluster de chacune des communes.
Ainsi, pour chaque individu, j’aimerais connaitre le cluster auquel il appartient (par exemple en ayant une colonne en plus dans mon dataset indiquant le numéro du cluster de l'individu).
Savez-vous si c'est possible ? (J'ai écumé les forums, et le fonctionnement des fonction hclust, hcpc, mais je ne trouve rien)
larmarange commentedon Oct 10, 2019
Donc, si votre fichier de données s'appelle
communeset le résultat deHCPC()s'appellecah:Lea-WS commentedon Jan 27, 2020
Bonjour,
J'ai exactement la même question que Maxime, mais j'ai fait ma classification avec hclust à partir d'une matrice des distance de gower (construite avec la fonction daisy).
Je ne trouve pas comment faire pour associer les catégories aux individus. Est-ce que c'est possible ?
Merci !
larmarange commentedon Jan 27, 2020
si on appelle
arbrele résultat dehclust()et que l'on veut 4 caétgories :Lea-WS commentedon Jan 28, 2020
pollito77 commentedon May 12, 2020
Bonjour, lorsque j'utilise A2Rplot, cela me donne :
Erreur : pile de noeuds débordée vers le haut
Erreur pendant l'emballage (wrapup) : pile de noeuds débordée vers le haut
Qu'est-ce que cela signifie ?
Merci d'avance.
larmarange commentedon May 14, 2020
A2Rplot()est une fonction un peu ancienne récupérée sur le net et qui ne fonctionne pas toujours. Je ne sais d'où peut venir le bug mentionné.Dans ce genre de situation, je vous invite à vous tourner vers des fonctions de représentations de dendrogrammes plus classiques, même si moins esthétiques.
Vous pouvez en particulier regarder du côté de dendextend : http://talgalili.github.io/dendextend/articles/dendextend.html
ibonheme commentedon May 27, 2020
Bonjour,
J'ai réalisé une CAH sur un tableau de contingence espèces x points d'inventaire, j'ai utilisé la fonction daisy pour pouvoir calculer la matrice de distance avec l'indice de gover. J'ai ensuite réalisé le dendrogramme par la méthode "ward.D2" de hclust et réalisé par typologie ne utilisant cutree().
En utilisant une autre méthode, c'est-à-dire HCPC() pour faire une CAH, un dendrogramme et une partition, je parviens à récupérer une liste d'espèces qui sont bien caractéristiques (ou au contraire absentes) de mes groupes via $desc.var$quanti, je me demandais comment accéder à cette information lorsque j'utilise la première méthode indiquée?
Merci pour votre aide,
larmarange commentedon May 27, 2020
Il vous faut regarder du côté des fonctions
catdes()etdescfred()deFactoMineRqui procède à une description des classes.ibonheme commentedon May 27, 2020
EL-O2 commentedon Aug 20, 2020
Bonjour,
Pour réaliser une ACM avec dudi.acm, comment faire pour différencier les variables et les variables supplémentaires, s'il vous plaît ? Si je reprends votre exemple, toutes les variables spécifiées dans la première ligne de code sont des variables actives.
d2 <- d[, c("grpage", "sexe", "etud", "peche.chasse", "cinema",
"cuisine", "bricol", "sport", "lecture.bd")]
library(ade4)
acm <- dudi.acm(d2, scannf = FALSE, nf = 5)
Vous les stockez dans un objet (ici d2) et vous réalisez l'ACM sur ces variables à l'aide de dudi.acm. Mais comment faire si notre jeu de données comporte des variables actives et des variables supplémentaires ? N'existe-t-il pas un moyen de spécifier dans la commande dudi.acm que telles variables sont actives et les autres supplémentaires.
Merci pour votre aide !
larmarange commentedon Aug 20, 2020
Les variables supplémentaires ne participent pas au calcul de l'ACM mais sont projetées dans l'espace de l'ACM déjà calculé.
Avec
ade4, vous utiliserez la fonctionsupcol().Cordialement
PinaSimone commentedon Nov 9, 2020
Bonjour,
Existe-t'il une fonction pour avoir la description des classes avec le package "ade4" ?
larmarange commentedon Nov 9, 2020
La commande
?dudipermets d'avoir une description des objets produits parade4:tab
a data frame with n rows and p columns
cw
column weights, a vector with n components
lw
row (lines) weights, a vector with p components
eig
eigenvalues, a vector with min(n,p) components
nf
integer, number of kept axes
c1
principal axes, data frame with p rows and nf columns
l1
principal components, data frame with n rows and nf columns
co
column coordinates, data frame with p rows and nf columns
li
row coordinates, data frame with n rows and nf columns
call
original call
GB49 commentedon Feb 1, 2021
Bonjour,
Merci pour le tuto bien complet !
A l'issue d'une CAH, je souhaite changer l'ordre de mes individus sur le graphique du dendrogramme (tout en respectant la classification bien sur). Faire pivoter une "branche" de 180° par exemple. Avez-vous idée pour le faire directement dans R ?
Merci bcp
larmarange commentedon Feb 1, 2021
Manipuler un dendrogramme n'est pas très simple à ma connaissance.
Vous pouvez éventuellement regarder du côté de dendextend : https://cran.r-project.org/web/packages/dendextend/vignettes/dendextend.html
GB49 commentedon Feb 1, 2021
Merci pour la réponse très rapide !
J'ai réussi à réarranger mon dendrogramme (34 individus pour 10 groupes) comme je le souhaitais.
"https://www.biostars.org/p/309913/" En m'inspirant de ce poste, j'ai forcer l'arrangement de chaque individu. A partir de l'arbre du dendrogramme, on peut obtenir le nom de chaque individu avec arbre$labels et leur ordre avec arbre$order. Il suffit ensuite de changer l'ordre de chaque individu avec la fonction reorder et le paramètre agglo.FUN=mean. Un peu fastidieux mais une fois le raisonnement compris ça se fait et le résultat est propre. En tous cas merci !
Pau974 commentedon Apr 19, 2021
Merci pour ce tuto très complet. Tout fonctionne très bien mais impossible d'utiliser tbl_summary.. On me renvoie un message d'erreur : impossible de trouver la fonction "tbl_summary"
Le package gtsummary est pourtant bien installé...
larmarange commentedon Apr 19, 2021
Le package a-t-il bien été chargé en mémoire avec
library(gtsummary)?Pau974 commentedon Apr 19, 2021
Oui installé et chargé...
larmarange commentedon Apr 19, 2021
Quelle est la commande précise ? et le message d'erreur exact ?
Pau974 commentedon Apr 19, 2021
Oui, pardon j'aurais du le préciser dès le début ..
library(gtsummary)
cl %>%
tbl_summary(by = typo)
cl étant mon jeu de données
Le message d'erreur que l'on me renvoie :
Error in tbl_summary(., by = typo) :
impossible de trouver la fonction "tbl_summary"
J'ai essayé de lancer votre script avec les données hdv2003 du package questionr mais on me renvoie le même message d'erreur
larmarange commentedon Apr 19, 2021
Essayez de réinstaller gtsummary. Pour cela, faites le à partir d'une nouvelle session R vierge, et n'ayant rien fait ni chargé un quelconque package.
Pau974 commentedon Apr 19, 2021
J'ai été trop vite en disant que le package était bien chargé.. en réalité le problème vient du chargement qui ne se fait pas ..
library(gtsummary)
Erreur : package or namespace load failed for ‘gtsummary’ in loadNamespace(j <- i[[1L]], c(lib.loc, .libPaths()), versionCheck = vI[[j]]):
l'espace de noms ‘htmltools’ 0.4.0 est en train de charger, mais >= 0.5.0 est requis
De plus : Warning message:
le package ‘gtsummary’ a été compilé avec la version R 3.6.3
larmarange commentedon Apr 19, 2021
Vous avez quelle version de R ? Est-ce que le package est bien à jour ?
Je vosu invite à mettre à jour tous vos packages
Pau974 commentedon Apr 19, 2021
Milles merci ! C'était bien une histoire de mise à jour !
Merci pour votre réactivité!