Breaking（v2）：旧只读入口
ask-research-os已删除，没有双轨期。不确定从哪开始时，用/research-os的 route-only（例如/research-os 我该从哪开始）。它只给推荐，不启动任务、不联网、不写文件。
Research OS Studio is an Agent Skills suite designed for research workflows. It integrates into your research workspace, breaking work into clear stages: idea discovery, experimental validation, and paper writing. The AI assists within explicit authorization boundaries, keeping key judgments and final decisions with the researcher.
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Research OS Studio 将科研过程拆解为边界明确的工作流。AI 在单次授权范围内生成候选方案、代码与草稿，实验设计、结果验收与推进决策由你把控。
- 纯 Agent Skills：无需安装独立 CLI、Python 包或后台服务，安装即用。
- 三大科研阶段：
- Idea Cycle（构思与查新）：文献检索、多视角构思、新颖性核查、独立评审与方案收敛。
- Validation Cycle（实验与理论验证）：实证路径管理实验计划、执行监控、统计分析与审计；理论路径负责推导记录、证明起草、审查与修复。
- Writing Cycle（论文写作与打磨）：正文起草、学术绘图、LaTeX 编译检查、引用与结论一致性审计、审稿回复及转投适配。
- 人在回路：用户显式调用才进入路线。可逆步骤直接做完并事后呈现。对外发送、删除或覆盖既有实验数据、批次授权越界，以及叶 skill 自己的审批点，停在副作用之前。一次调用若写明跨阶段并给出边界，编排可以继续；没有这句授权时，不自行跳到下一主流程。
- 原生文件格式：成果直接以 Markdown、LaTeX、脚本和数据文件交付。
在科研项目根目录下执行：
# 查看所有可用技能
npx skills@latest add toRolex/Research-OS-Studio --list
# 安装全部技能到当前项目
npx skills@latest add toRolex/Research-OS-Studio --all安装后，在 Agent 中运行初始化命令。以下 /name 示例是逻辑点名；pi 原生命令为 /skill:name（setup：/skill:setup-research-os；入口：/skill:research-os 我该从哪开始），Claude Code 用 /name，Codex 用 $name 或明确点名已安装技能。pi 的普通 /name 文本不保证加载隐藏的显式 Skill：
/setup-research-os该命令会检查现有目录结构并提供配置建议。所有改动在写入前都会展示完整草稿供你确认，不会覆盖已有研究资料，也不会擅自安装系统环境。
如果你不确定当前阶段该用哪个技能，直接问统一入口，并说明只要推荐：
/research-os 我该从哪开始这进入 route-only：按研究方向或已有材料给推荐，不修改文件，不联网，也不自动触发工作流。旧入口 ask-research-os 已删除。已经清楚目标时，也可以直接点名对应技能，或让 /research-os 进入对应 playbook。设计实验走 experiment-plan；跑完已有计划并分析走 experiment-bridge。两条都要求研究日志里的本批授权，setup 写下的默认政策不能当运行许可。
已有上一轮证明、改进日志或研究作业记录时，不要从零重跑：
/research-osproof：续接固定命题，新目录只做本轮 obligation。/research-osimprovement：在确认的轮数和写入范围内做 review → repair → re-review。/research-ospickup：新会话重读交接、算力政策和研究日志。已过期的授权保持过期。
输入研究方向
↓
/research-os 我有方向，没有 idea
↓
playbook idea-discovery
默认每个阶段停下；写明「一次走完」并给出预算才连续
├─ 检索文献并标注出处 (research-lit)
├─ 多视角生成方案 (idea-generation；卡住时 creative-thinking)
├─ 检索已知工作并精准查新 (novelty-check)
├─ 独立评审与挑刺 (idea-review)
└─ 方案细化与收敛 (idea-refinement)
↓
交付 IDEA_DISCOVERY.md 与 RESEARCH_PROPOSAL.md 后停止
叶上的输出路径、阶段检查点、评审范围和问题锚点仍然生效。下一句延续本路线；说 new task 才重匹配。直接点名 /idea-discovery 仍走叶入口。
固定研究假设或待证命题
↓
实证路线 理论路线
/experiment-plan formula-derivation（公式推导）
↓ ↓
/experiment-bridge proof-writer（起草证明）
├─ 代码试跑与资源监控 ↓
├─ 训练异常诊断与干预建议 proof-review（逻辑与反例审查）
└─ 独立审计代码与结果真实性 ↓
↓ /proof-repair（有界修复）
/result-to-claim（提取约束结论） ↓
↓ /proof-orchestrator（长定理与 Lean 辅助）
交付实验审计与 Claim 报告（停止） 交付完整证明记录（停止）
输入实验数据或理论成果
↓
/research-os 按材料匹配 paper-writing
├─ 通用材料：general → paper-writing
├─ 机器学习材料：ml → ml-paper-writing（不经通用入口）
└─ 系统设计与实现：systems → systems-paper-writing（不经通用入口）
↓
叶 skill 自带授权门；门内才规划、绘图、起草、真实编译
并列审查：paper-claim-audit、citation-audit、claim-stress-test
证明稿件才读 proof-review
↓
交付候选稿与审查报告
投稿、上传不在写作路线
paper-compile-repair 与 apply-citation-fixes 须另行点名
↓
投后管理与衍生（/research-os 编排；叶入口仍可点名）
├─ 审稿回复：/research-os 回复审稿 → rebuttal
├─ 转投适配：/research-os 转投 → resubmit
└─ 学术演讲：/research-os 做会议演讲 → paper-talk
↓
交付候选回复、新目录投稿材料或 slides/notes/script
叶 skill 的策略、措辞、范围、大纲与外发确认仍停
全套包含 39 个独立技能。根据触发机制分为两类：
- 除 setup 外全部显式调用：用户直接点名，或父流程按路径级联读取全文。模型不因描述自动触发。
setup-research-os：唯一允许模型主动建议的例外。写入前仍要逐角色确认模型和整份草稿。
| 分类 | 技能名称 | 调用方式 | 说明 |
|---|---|---|---|
| General | setup-research-os | 可建议 | 确认本 session 可用模型、八角色、零授权默认政策与工作区种子；建议本身不是写入授权 |
| research-os | 显式 | 统一编排入口；只读走 route-only；experiment-plan / experiment-bridge 已交付，本批授权写在研究日志 | |
| Idea Cycle | idea-discovery | 显式 | 构思查新工作流：文献检索、生成方案、查新、评审并输出 Proposal |
| research-lit | 显式 | 文献检索与综合，标注出处与核实状态 | |
| idea-generation | 显式 | 多视角生成研究候选方案，记录筛选理由 | |
| creative-thinking-for-research | 显式 | 构思瓶颈时的认知转换与正交发散 | |
| novelty-check | 显式 | 检索已知工作，核对方案新颖性 | |
| idea-review | 显式 | 独立评审视角，指出方案弱点与潜在问题 | |
| idea-refinement | 显式 | 细化研究方案，输出最小可行路线与拓展路线 | |
| Validation | experiment-plan | 显式 | 制定包含假设、基线、指标与预算的实验计划 |
| experiment-bridge | 显式 | 实验执行工作流：实现、试跑、监控、分析与审计 | |
| run-experiment | 显式 | 在指定范围内执行实验代码并记录运行状态 | |
| experiment-queue | 显式 | 管理批量实验队列与资源分配 | |
| monitor-experiment | 显式 | 监控运行进程与状态，不做额外推论 | |
| training-health-check | 显式 | 诊断 NaN、显存溢出、loss 停滞等训练异常 | |
| analyze-results | 显式 | 统计分析实验结果与不确定性 | |
| experiment-audit | 显式 | 独立审计代码、评估逻辑与结果真实性 | |
| result-to-claim | 显式 | 根据实验证据收敛并提取科学结论 | |
| formula-derivation | 显式 | 推导数学公式，记录假设、步骤与误差界限 | |
| proof-writer | 显式 | 起草数学证明，保留未完成的尝试与断点 | |
| proof-review | 显式 | 只读审查证明逻辑与边界反例，不修改文件 | |
| proof-repair | 显式 | 在授权范围内有针对性地修复证明断点 | |
| proof-orchestrator | 显式 | 管理复杂长定理证明，支持 Lean 辅助推导 | |
| Writing Cycle | paper-writing | 显式 | /research-os paper-writing / general：通用材料的规划、绘图、起草、真实编译与并列审查；叶 skill 自带授权门 |
| ml-paper-writing | 显式 | paper-writing / ml：机器学习材料不经通用入口；seeds、error bars、compute、limitations | |
| systems-paper-writing | 显式 | paper-writing / systems：系统设计材料不经通用入口；design rationale、end-to-end、scalability | |
| paper-plan | 显式 | 规划论文大纲与 Claim-Evidence 证据对应矩阵 | |
| paper-drafting | 显式 | 依据实验数据与推导记录起草论文正文 | |
| academic-plotting | 显式 | 绘制学术图表并保留可复现绘图脚本 | |
| paper-compile | 显式 | 调用本地 LaTeX 环境执行编译检查并报告警告 | |
| paper-compile-repair | 显式 | 展示 diff 并经确认后修复 LaTeX 编译错误 | |
| citation-audit | 显式 | 检查引用的准确性与上下文匹配度 | |
| apply-citation-fixes | 显式 | 确认后更新 BibTeX 条目或正文引用标记 | |
| paper-claim-audit | 显式 | 校验正文数字、图表与原始实验数据的一致性 | |
| claim-stress-test | 显式 | 模拟同行评审视角，针对论点薄弱处提出质疑 | |
| research-improvement | 显式 | 对代码、论点或草稿进行有限轮次的评审与修改 | |
| rebuttal | 显式 | 审稿回复叶入口；/research-os 的 rebuttal 路线按路径级联。策略与最终措辞仍停 |
|
| resubmit-pipeline | 显式 | 转投叶入口；resubmit 路线在新目录适配并保留旧稿。范围与改动仍停 | |
| paper-talk | 显式 | 演讲叶入口；paper-talk 路线产出 slides、notes、script。授权与大纲仍停 |
- 不修改系统环境：不会擅自配置 Python、Lean、LaTeX、CUDA 驱动或云端凭证。依赖工具缺失时会明确提示。
- 显式路线与副作用门：用户显式调用才进入路线；可逆步骤不中断，直接执行并事后呈现。三类门在副作用之前停下：不可逆动作（对外发送、删除或覆盖既有实验数据）、批次授权缺失或越界、叶 skill 自带审批点。一次调用若明确授权跨阶段并给出边界，编排可以继续；未授权时，不启动下一主流程。
- 操作预先确认：消耗大量算力、重写文件或调用付费 API 之前，会先声明范围并征求同意。
Q: 安装后会修改我现有的项目文件吗？
A: 不会。setup-research-os 初始化时会先扫描目录并展示拟修改内容，只有在你确认后才会写入。
Q: 支持哪些 AI 客户端？
A: 支持遵循标准 Skills 机制的客户端，包括 Claude Code、Codex、Cursor、Gemini CLI、Kimi CLI、Pi 等。
- 用户验收指南：测试用例与边界核验方法
- 产品地图与状态表：技能定义与触发边界
- Skills 目录总览：目录结构与兼容性说明
- 上游来源与许可证说明：移植与借鉴项目的许可证声明
本项目采用 MIT 许可证。各技能中引用的第三方来源说明见 上游来源与许可证说明。